Попасть к лидеру Свободы сразу не получиться. Первым делом нужно навестить коменданта Щукина, который для начала решит вас проверить «на вшивость». Он пожалуется на то, что у западных стен базы завелась пси-собака и предложит вам её «усмирить».
Запаситесь амуницией в магазине странного и явно не местного торговца Ашота.
По карте определите место обитания собачки. К пси-собаке лучше подкрадываться сзади, предварительно рассмотрев через бинокль её месторасположение. Как только вы будете недалеко от нёё, начинайте стрелять. Желательно прицельным огнём. Если собака успеет создать своих фантомов, считайте - вам не повезло.

Когда вы выполните это задание и убьёте тварь, Щукин выдаст вам ещё одно поручение. Теперь предстоит отнести припасы к отряду Свободы ушедших в патруль. Идите к барыге Ашоту и возьмите боеприпасы, после чего – идите к красному маркеру на карте. На месте вы обнаружите много трупов, обыскав которые, найдёте КПК. Теперь вам нужно доставить найденный наладонник Чехову, лидеру Свободы. Он находится в главном здании, напротив Ангара с техника по имени Яр. Переговорите с лидером о случившемся. Окажется, что во всём виноват комендант.
Естественно, перед вами поставят задачу найти и наказать предателя.

До места встречи идти далековато, воспользуйтесь проводником. Он выведет вас только на половину пути, так что дальше придётся идти самому. Издалека вы заметите перестрелку. Помогите свободовцам с отстрелом наёмников. Продвигайтесь к юго-западу локации, к двум свинофермам.

Добейте оставшихся наёмников и заодно коменданта. Обыщите его жалкий труп и заберите КПК.
Чехов отблагодарит за оказанную помощь и проинформирует о Клыке. [Совет]

Пробегитесь по локации для сбора артефактов, возможных тайников и квестовых предметов. Перед этим не забудьте взять у техника Яра задания на поиск флэшек. Наводки на тайники где они лежат можно взять как у Ганжи (бармена) так и у самого Чехова.

При попытке вступить в ряды наркоманов-травокуров, Чехов мягко откажет, типа, не время ещё. Это не глюк, а сюжетная особенность игры. Вскоре у вас появиться данная возможность.

Если все дела сделаны, возвращайтесь на Свалку.

Вернувшись на Свалку, идите к Барахолке. У подножья недостройки, как вы наверно уже заметили, есть дверь, ведущая куда-то в подвал. Раньше она не открывалась, но теперь вы можете спокойно зайти. Если вы любите играть по всем правилам, пропустите нижнюю подсказку и смело вваливайтесь внутрь. [Совет]

Спускаясь по лестнице, вы попадёте на растяжку. Во время отсутствия вашего сознания, двое бандитов заберут у вас всё, и что-то прошепчут про Клыка (точнее намекнут на него, не произнося его имя). После того как вы очнётесь, подберите в углу детектор и пистолет (если вы прочли подсказку выше, то заберите свои вещи из указанного места). Деньги, к сожалению, «ушли» навсегда. В любом случае, сразу после ограбления, у вас появится задание на возврат своих вещей.
По карте изучите место привала ваших грабителей. Не спеша доберитесь до места будущей казни, осмотритесь с помощью бинокля, и, тихо передвигаясь, зайдите с тыла так, чтобы можно было снять хотя бы одного бандюка прицельным в голову. Ну а в остальном всё зависит от вашего опыта обращения с пистолетами.
После того как накажите нехороших мужиков в грязных плащах, можете выдвигаться в сторону НИИ «Агропром» через западный переход. Учтите, что там вас будут ждать бандиты-гопнеги, раскулачивающих всех мимо идущих.

Сам научно исследовательский институт имеет большую площадь, но помимо него, на локации есть открытая местность, холмы, равнины, которые наполнены аномалиями и артефактами.

Когда вы попадёте в локацию, подойдите к командиру блокпоста. Он заметит вас, и скажет, что отряд Долговцев направляется как раз туда, куда нужно вам (на их базу). Держитесь около них, и помогайте им отбиваться от встретившихся вам ну пути мутантов. Будьте очень внимательны, так как местные кусты кишат снорками и болотной тварью.

В центре локации, можно обнаружить заставу нейтралов. Здесь есть свой лидер Орест, торговец Дрозд  и техник Айдар. Купите наводки на тайники, отремонтируйте экипировку, запаситесь амуницией и не поленитесь изучить северную часть территории.
Также, на территории этого комплекса зданий, в одном из корпусов на 2`ом и 3`ем этажах можно найти несколько артефактов электрического происхождения.
Побродив среди четырёх небольших цистерн, можно найти канализационный люк, ведущий в разрушенный тоннель, в котором обитает сталкер по кличке Отшельник. Этот подозрительный тип приторговывает модифицированным оружием.

На западе локации, на болотце, вы встретите группу нейтралов направляющихся к озеру Янтарь. Помогите им отбиться от зомбированных сталкеров и в награду получите модернизированный комбинезон «Заря».

База группировки «Долг» находится на юго-западе локации. На её территории изучите местные достопримечательности:
Зоопарк мутантов - это некая коллекция тушек отродий Зоны. Там вы найдёте: Двух кровососов (один молодой, другой матёрый), псевдособак, кабана, плоть и… Кошку! Догадаться, как и почему она там оказалась нельзя, можно только предположить, ведь её вырезали ещё перед релизом ТЧ. Возможно, разработчики просто соскучились по ней или используют её как объект декора. Этому свидетельствуют различные манекены голов Химер, висящих в различных обитаемых постройках Зоны.
Тир - это тир, ещё одна мини-игра в ЧН. Находится в бараке рядом с северным выходом с базы. Управляет тиром – майор Звягинцев (также у него можно купить наводку на тайник с флешкой). Это место предназначено для того, чтобы натренировать вашу стрельбу из определённого оружия, ну и немного заработать.
Ещё на базе Долга есть бар, бармена зовут – Колобок.
В центре базы, в бывшем жилом домике, поселился торговец – противный и закрытый долговец Митяй.

После переговоров, в которых главный герой будет расспрашивать Крылова о том, как можно попасть в «Подземелья Агропрома», он объяснит вам, что туда можно пройти только через большую нору, которую прорыли мутанты и попросит вас сделать небольшую услугу - затопить Подземелье, чтоб навсегда закрыть сноркам и прочей нечестии путь наружу. Соглашайтесь – награда, не много не мало – 10 тысяч RU.

Перед походом к подземелью, экипируйтесь лучшим оружием и бронебойными патронами – пригодиться.

Вот и знаменитые подземелья. Вы окажетесь в изогнутом коридоре испещрённым аномалиями Жарка. Следуйте в его дальний конец, попутно отстреливая вылезающих из расщелин снорков. Ваша цель – добежать до лестницы, которая ведёт на уровень выше. Вы окажитесь в небольшом помещении. Соберите разложенный по ящикам хабар, перезарядите обойму и шагайте в дверной проем, ведущий в зал с высоким потолком и четырьмя отстойниками, заполненными булькающими аномалиями Кисель.
Шум в ушах, потеря ориентации и критический уровень пси-излучения предзнаменует появление контролёра. Зная его уязвимое место в неспособности вести ближний бой, рекомендуется пробежать в противоположный конец помещения, прямо навстречу мутанту и с близкого расстояния нашинковать бронебойными, ну или сберечь боезапас, затыкав его до смерти ножом.
Двигайтесь дальше. Вы попадёте в комнату управления насосом. Сохраните игру. Поверните вентиль и приготовьтесь к стометровке. Как только решётка поднимется, врубайте ускоренный бег и бегите вперёд, затем вниз по винтовой лестнице и дальше по изогнутому коридору. По пути вы встретите стаю обезумевших тушканов. Не обращая на них внимания, выпейте на бегу энергетик и, добежав до лестнице, быстро поднимайтесь на верх.
После небольшой скриптовой сцены  вам станет ясно, что подземелье затоплено и путь на нижние уровни недоступен. Задание выполнено. Остаётся только выбраться на поверхность.
Вылетать сломя голову не стоит. Каким-то образом, верхний уровень исследовательских подземелий оккупировала группа злобно настроенных бандитов. Усмирите распоясавшуюся шпану.
Теперь вам нужно найти Тайник Стрелка, в котором находится важная информация. Расположение небольшой комнаты не изменилось со времён ТЧ (это логично). Из найденного КПК станет известно, что необходимо выдвигаться к озеру Янтарь.
На лестнице, ведущей на поверхность, будьте предельно осторожны. Это место облюбовало несколько огненных полтергейстов. Высовываясь из дверного проема, усмирите и этих аномальных созданий.
Выбравшись на поверхность, отправляйтесь к Крылову за наградой.
Дальше на Янтарь, переход на который расположен в северо-западном углу локации. [Совет]

Янтарь – это высохшее озеро, на дне которого разместилась научная база-бункер учёных (экологов) во главе с профессором Сахаровым. Прежде чем попасть на приём к учёному, вам придётся отбить атаку зомбированных сталкеров. Помните, что остатки бывшего озера (маленькое болотце) очень радиоактивны, и что заходить в него следует в редких случаях, например при поиске артефактов. [Совет]

Итак, пока хотя бы один зомбак будет жив, внутрь бункера вас не пустят. На ранних версиях игры здесь случались неприятные ситуации – скрипт в нужное для него время просто не срабатывал, и, убив всех зомби, попасть в к Сахарову не представлялось возможным.
Поговорите с седоволосым учёным. Он попросит вас найти КПК. Если у вас недостаток патронов и средств лечения, то поторгуйте с Сахаровым. Также у него есть небольшой выбор бронежилетов. [Совет]

Дальше, когда вы уже прибыли к «красному кружку» на карте, на вас двинется стая слепых псов и пси-собака. Они не представляют особой угрозы. Расстреляйте их, а затем обыщите все трупы людей, и возьмите с одного из них КПК. Прослушаете аудиозапись и потом идите к Сахарову.

Сахаров будет «долго» изучать документы и данные с КПК, а затем выдвинет теорию, что выбросы пси-активности происходят из-за установки, расположенной неподалёку. Он направит вас к Левше, ожидающего неподалёку. Он будет стоять около того места, где находится вход на завод, знакомый нам по ТЧ.
Запаситесь патронами! Они вам очень пригодятся, так как после локации Янтарь будет ощущаться дефицит.

Левша попросит вас следовать его приказам. Первым делом вы пойдёте в разлом в стене (чтобы попасть внутрь завода). Затем – перелезете по ящикам через стену. Далее вам нужно залезть по лестнице на крышу ангара (лестница находится на стене).
С ангара стреляйте в Зомби до истечения времени, которое появится после начала отключения пси-установки сталкерами. [Совет]

После того как время закончится, задание будет выполнено. Следующий пункт назначения – Рыжий лес. Попасть туда можно пройдя сквозь ворота на северо-западе завода.

Кое-что проясняется насчёт наемников, застрявших во временно аномалии. Лесник нашёл способ помочь им. Для этого ему понадобится артефакт «Компас», который у него украли. Выходите от Лесника и, пройдя немного на юг, через ворота, вы попадёте в лесистую часть локации. Теперь поворачивайте на запад. Дальнейший путь станет очевидным – со стороны холмов начнётся стрельба. Это ренегаты. Осторожно приблизьтесь к входу в шахты. Ренегаты на удивление очень хорошо экипированы. Внутри проведите антиренегатскую программу выселения. После осмотрите помещения, и вы найдёте странной формы артефакт. Это и есть «Компас».
Возвращаемся к Леснику. [Совет]

Вернувшись, отдайте старику квестовый артефакт и получите награду – полностью улучшенную снайперскую винтовку «Винтарь» ВС.
Получив новое задание от дедушки, вам следует вернуться на Армейские склады и пробраться на армейскую базу, чтобы установить связь с пропавшей группой Сталкеров.

Поговорите с Хогом, он и его подручные откажут вам помочь проникнуть на военную базу, зато он намекнет, но то, что вам помогут свободовцы. Следуя отметке на карте, направляйтесь к базе. Она находится в нижнем правом углу локации (в «ТЧ» это как раз была база Свободы). Вместе со свободовцами проведите и здесь антивоенную программу выселения. Tooltip trigger goes here.

Когда будет убит последний военный, забирайтесь на вышку, отмеченную на карте, и передайте радиосообщение, повернув рычаг. Всё! Сообщение передано! Отряд наёмников находится на той стороне моста, которую захватили ренегаты.

Войдите в туннель, расположенный напротив опущенного моста в Рыжем лесу.

Когда вы вошли в Лиманск, осмотритесь, и следуйте за бойцами группировки ЧН. Минутой позже, отряд заметит двух бандитов, один из них ранен. Они согласится сдать поджидающую вас засаду, если вы дадите ему аптечку для кореша. Соглашайтесь. После, один из них расскажет вам, что около одной из машин стоит растяжка. На самом деле их там больше, и они перекрывают дорогу.
Следующей задачей станет отражение нападения бандитов. Случиться это не ранее чем вы подойдёте к растяжкам (о великие скрипты!!! куда уж без них). Бандиты засели в близлежащих домах.

После первой засады двигайтесь дальше. Там будет перестрелка наёмников с монолитовцами и бандитами (бандиты будут сидеть в домах). По сигналу наёмника, который сидит за машиной, обойдите дом, и уничтожьте пулемётную точку.
Дальше, нужно отстреливаться от «фанатиков» Монолита. После перестрелки, на это место подоспеет отряд ЧН, с которым вы выдвинулись в Лиманск.

 Если у вас броня или оружие находятся в плохом состоянии – не расстраивайтесь! Среди ребят из ЧН, которые пошли с вами, есть техник! Понадобятся только деньги. [Совет]

Следующий этап в пересечении Лиманска. Выходите из дома на обратную сторону, и идите влево до определённого места. Ориентир – развалившийся мостик (см. карту). Там, вы увидите длинную дорогу, ведущую к стройплощадке. Но чтобы пройти по дороге вам придется попотеть. На ней «разместились» пространственные аномалии (в какую не зайди – приводят к началу дороги). Алгоритм их прохождения:
1). Дойдите да первой аномалии, обойдите её справа.
2). Идите на лесенку, затем – по дорожке, которая плавно спускается вниз.
3). Рядом стоит автобус, а около него – ящик (справа). Залезьте по ящику в кабину, и перебирайтесь на другую сторону, через автобусную дверь.
4). Когда вылезете, то около этого автобуса будет стоять ещё один. Бегите к нему, потом налево. Всё, аномалии позади!
Теперь… Если внимательно присмотреться, то впереди на холме, стоит недостроенное здание. Это здание кишит монолитовцами. Tooltip trigger goes here.

«Выносить» монолитовцев из недостройки следует без излишнего героизма. Выглянули из-за угла -  пара выстрелов – спрятались. Так же следите за тем как ведут себя враги, возможно в вашу сторону полетят гранаты.
Опосля бойни, забирайтесь на самый верхний этаж. Там перейдите на обратную сторону крыши, и оттуда спускайтесь на землю. Вы окажитесь на обратной стороне стройплощадки. Теперь бегите к воротам и прыгайте в яму под ними.

После перехода на локацию, вы окажетесь в самом центре Зоны, на Чернобыльской АЭС. Локация начинается с того, что Лебедев объясняет вам как поразить Стрелка. Первым делом нужно отключить его пси-защиту. Сделать это можно стреляя из Ружья ЭМ-1 прямо в него. Уровень пси-защиты Стрелка обозначен в верхнем-правом углу экрана. Также вам выдадут ФТ 200М (если вы не забрали вознаграждение ранее) для того, чтобы периодически отстреливаться от монолитовцев.

Итак, Стрелка очень хорошо видно в оптику. Вокруг него «крутится-вертится» пси-защита. Стреляйте из электромагнитного ружья точно в него пока он перестреливается с монолитовцами и прячется за ящиками. Если Стрелок скроется из вида, то прыгайте в порталы-телепорты, знакомые из ТЧ. Они будут переносить вас ближе к Стрелку, в более выгодные позиции. [Совет]

К сожалению, случаются неприятные эксцессы. Иногда Стрелок каким-то образом проваливается сквозь бетонные балки и оказывается на земле, останавливается, перестаёт двигаться и вообще реагировать на происходящее. В таком случае самым верным решением будет загрузить последнее сохранение.

Когда пси-защита Стрелка будет ослаблена, Лебедев скажет вам об этом, а когда и вовсе исчезнет – он скажет, что осталось только ждать успокоения Зоны. Но всё будет иначе - приборы аномальной активности будут зашкаливать, произойдёт колоссальный Выброс… и конец игры.
Финальный ролик, который можно посмотреть здесь, оставляет больше вопросов, нежели даёт ответы о том, что случилось со Стрелком, Шрамом и группировкой «Чистое Небо».